Phần nhiều, không phải là hầu hết, ung thư hậu môn có nguồn gốc từ nhiễm HPV, và vì vắc-xin HPV trước khi tiếp xúc với HPV ngăn ngừa nhiễm trùng do một số chủng vi-rút và đã được chứng minh là giảm tỷ lệ tổn thương tiền ung thư[4] các nhà khoa học phỏng đoán rằng SỔ tiêm chủng có thể giảm tỷ lệ, ung thư.[5]

Vào ngày 22 tháng 12 năm 2010, Cơ quan Quản lý Thực Phẩm và Dược Phẩm Hoa Kỳ đã phê chuẩn thuốc chủng Gardasil để ngăn ngừa ung thư hậu môn và tổn thương tiền ung thư ở nam và nữ từ 9 đến 26 tuổi. Thuốc chủng này đã được sử dụng trước đây để giúp ngăn ngừa ung thư cổ tử cung, âm hộ và âm đạo, và các tổn thương liên quan do HPV loại 6, 11, 16 và 18 ở phụ nữ gây ra..[6]